Prespansko jezero leži v jugovzhodnem delu Evrope, na tromeji med Republiko Makedonijo, Grčijo in Albanijo. Lega jezera je na južni strani Prespanske kotline med gorama Galičica in Planino Baba. Od skupne površine 190 km² pripada Makedoniji, 84,8 km² Grčkiji in 38,8 km² Albaniji. Prespansko jezero je oddaljeno samo 10 kilometrov od Ohridskega jezera s katerim je povezano s podzemnimi kanali. Največje mesto v regiji jezera je Resen, makedonski del jezera se nahaja v istoimenski občini. Največja globina jezera je 54 m.